Alur penyusunan RKP Desa secara umum hampir sama dengan alur cara penyusunan RPJM Desa. Jika ada perbedaan hanya sedikit saja. Sebab, RKP Desa merupakan hasil breakdown dari dokumen RPJMDes atau sebagai penjabaran dari RPJM Desa.
Seperti dalam proses penyusunan RPJMDes, RKPDes juga disusun melalui Musyawarah Desa. Kemudian, dari hasil musyawarah Desa tersebut menjadi pedoman bagi Pemerintah Desa untuk menyusun rancangan RKP Desa dan daftar usulan RKP Desa (DU-RKPDes).
Hal yang sama juga disebutkan, bilamana ada perubahan dokumen RKP Desa juga harus dibahas dan disepakati dalam Musyarawarah Perencanaan Pembangunan Desa dan kemudian ditetapkan dengan Peraturan Desa (Perdes).